Štruktúra celosvetovej organizácie JCI je viac menej štandardizovaná, aj napriek tomu sa trošku líši v závislosti od krajiny. Svetové vedenie JCI sídli v St. Louis, Missouri, USA, kde je zamestnaných približne 20 ľudí a koordinujú celosvetové aktivity. Nasledujú oblastné/regionálne štruktúry pre každý kontinent a potom národne organizácie ako je napríklad JCI Slovensko.
Národné organizácie sa potom rozdelujú na oblastné: